Les patients sont éveillés durant toute la durée de l'intervention. Après une anesthésie locale, une ponction de l'artère inguinale est effectuée à l'aide d'une aiguille creuse. Un fil est d'abord placé sur celle-ci, puis s’ajoute une gaine munie d'une valve spéciale qui permet un accès sûr au système vasculaire. Un cathéter est guidé sous radioscopie depuis l'aine jusqu'aux vaisseaux du cou en passant par l'aorte. Un produit de contraste iodé est ensuite injecté, via le cathéter, pour évaluer précisément les vaisseaux et la circulation sanguine dans une zone précise du cerveau. Des images de quelques secondes sont alors prises, ce qui permet, après traitement numérique, d'observer les vaisseaux cérébraux sans les tissus environnants (angiographie par soustraction numérique).
En fonction de la question posée, il est possible de réaliser en plus une image en 3D qui permet de visualiser les vaisseaux cérébraux sans superposition.
Une fois l'examen terminé, le cathéter et la gaine sont retirés. Le site de ponction est comprimé pendant environ 10 à 15 minutes et un pansement compressif est appliqué afin d'éviter les saignements dans l'aine. Ensuite, un repos au lit strict de 6 heures doit être observé.
Mis à part l'anesthésie locale dans la région de l'aine, l'angiographie cérébrale est un examen indolore. L’injection du produit de contraste peut provoquer une sensation de chaleur passagère, des vertiges ou un bref scintillement devant les yeux, qui disparaît après quelques secondes.
Suite à une angiographie cérébrale, une hospitalisation est nécessaire jusqu'au lendemain matin.